当基本的检查有疑虑时，要实施特别的扫描。如心脏扫描、多普勒血流检查等。
产检超声波的扫描死角
二维超声波显现出来的画面，必须是经过专业训练的医护人员才能看出个所以然，也因此造成孕妈妈们的疑虑。孙三源医师说，孕妇在接受产检超声波时，医师一般都会边照边说明，让孕妇有参与感，也让她们比较放心。但是，通常也只能告诉孕妇“这是宝宝的手，这是宝宝的脚”，却不能肯定地告诉孕妇“手都是5指，而且没有相连”。孙三源医师指出，通过超声波检查可以协助医师了解子宫内胎儿的解剖状况，但是却无法得知胎儿的智力、视力或听力等生理功能是否正常。另外，如果是因为基因、染色体的异常所造成的病变，也无法通过B超检查得知。
哪些因素影响检查效果
孙三源医师表示，目前超声波对胎儿解剖结构异常的筛查几率已经非常高，但也并非100%，因为检查时还要受仪器的分辨率、胎儿的成长状况、观察者的经验等因素影响，再加上检查是间断性，而不是持续性的，有些畸形不一定能准确发现。
超声波的特性
1.声波的特性：超声波是一种人耳听不见的声波，其最大的物理局限就是不能够穿透空气和高密度的固体。如果孕妇脂肪较厚也会妨碍检查。
2.解析度：超声波的分辨率无法辨识出胎儿微小的缺陷。如较小的心室中隔缺损或动脉弓狭窄，不易经由超声波诊断出来。又如神经管缺损通常位于尾脊处，产前也不容易利用超声波发现。
因此，如果有羊水量过多或过少、胎儿周数较大骨头已钙化、孕妇腹部脂肪层较厚等情况时，胎儿的细部构造都无法看清楚。
胎儿持续成长，状况不定
孙三源医师指出，几乎所有胎儿的内脏器官在出生前都会持续不断地成长变化，因此在早期检查时状况正常的器官，也不能保证在出生时和出生后一定正常。也因为受限于孕妇肚皮及子宫的阻挡，无法调整胎儿的姿势及位置，所以无法获得某些角度的影像。
孙三源医师提出以下几项因胎儿成长状况而造成超声波检查有所限制的情况：
1.[脑积水] 有许多脑积水或肾积水的情况，都会到了怀孕后期才逐渐产生。
2.[全盲] 胎儿在子宫内因为没有光线的刺激，因此不会睁开眼睛，所以无法诊断出先天全盲或小眼症的状况。
3.[听力] 在胎儿5～6个月大时，听力已有发育，但目前没有任何的检查方式可以得知胎儿是否有先天性听障的问题。
4.[先天性心脏病] 心脏的心房中隔(即卵圆孔)及动静脉导管都是在出生后才会逐渐关闭，在出生时可轻易诊断出的心脏病，却无法在出生前就得知。
5.[肠胃道阻塞]肠胃道的阻塞病变极少会出现在怀孕24周之前，因为胎儿在怀孕前期通常很少大口地吞进羊水。
6.[肢(指、趾)端异常]像是手脚内翻或外翻、多指(趾)、并指或指节缺失等异常状况，也因为胎儿常处于握拳状态而几乎无法由超声波确切诊断。
7.[侏儒症]有部分的侏儒症无法在早期诊断出来。因为胎儿在6～7个月大的时候，骨头的发育生长就会逐渐停止。
8.[先天性代谢异常]绝大部分的生化代谢异常疾病，如黏多醣症，要等到宝宝出生进食后，才会逐渐发病，也因此许多致死性的生化代谢异常在产前无法辨认，除非妈妈已生过类似疾病的宝宝。
